有機肥加工生產關鍵步驟就是原料的混合，即將固體糞便、輔料和各種調理劑按照預先設定的配方比例均勻混合的過程。對原料進行預混合，可以使堆體內各處均達到要求的碳氮比，確保微生物存活繁衍。
根據被混合物料的性質，宜采用臥式雙軸攪拌機，其筒體內裝有雙軸旋轉反向的槳葉，槳成一定角度將物料沿軸向、徑向循環翻攪，讓物料快速均勻的混合。
臥式雙軸攪拌機利用減速機帶動軸的旋轉速度與槳葉的結構會使物料重力減弱，即便物料有比重粒徑的差異，在交錯設計的攪拌葉片快速翻騰拋灑下，也能達到很好的混合效果。如果該機能根據原料性質自動控制混合時間，就能取得更好的效果和效率。
